O convento foi fundado em 1585 no local onde já havia uma pequena capela e algumas habitações provisórias. A partir daí, por conta do crescimento da congregação, foi feita uma reconstrução que projetou novos edifícios em maiores escalas, aproximando-se mais da beleza e grandiosidade atuais.

Frente ao Largo do Cruzeiro, a igreja mostra sua influência da edificação jesuíta, com exterior sóbrio mas interior luxuoso. O edifício foi construído em pedra calcária nas partes aparentes, e arenito nas partes rebocadas. A simplicidade dos campanários quadrangulares, coroados com pirâmides azulejadas, contrasta com o bloco central mais ornamentado, com aberturas em arco na base e um frontão no topo decorado com grandes volutas. Sua planta é incomum entre os projetos franciscanos do Nordeste brasileiro, pois tem três naves, ao passo que o desenho mais usual conta com apenas uma, embora as naves laterais sejam baixas, estreitas e cobertas por uma galeria, e funcionem mais como um deambulatório entre as capelas secundárias. Além da capela-mor, dedicada a São Francisco de Assis, a igreja possui oito capelas secundárias, duas delas nos braços do transepto. A do lado esquerdo é dedicada a Nossa Senhora da Glória e, à direita, a de São Luís de Toulouse.

A igreja é especialmente preciosa pela sua exuberante decoração interna. Todas as superfícies do interior – paredes, colunas, teto, capelas – são revestidas de intrincados entalhes e douraduras, com florões, frisos, arcos, volutas e inúmeras figuras de anjos e pássaros espalhadas em vários pontos. Calcula-se que foi usada uma tonelada de ouro nos douramentos… Uau!

É pura história brasileira. Simplesmente imperdível para quem tem a oportunidade de conhecer!